Le week-end, Brian fréquente des clubs de Miami où se produisent des groupes locaux. En 1989, au cours d'une soirée, il rencontre le guitariste Scott Putesky. Impressionné par son talent, il lui propose de former un groupe. Il décide alors d'écrire sous le pseudonyme qu'il avait imaginé quelques années plus tôt : Marilyn Manson, nom du héros d'une de ses nouvelles intitulée La Monnaie de sa Pièce. Grâce à son nom de scène, il remet en question le perception admise du bien et du mal. Il montre qu'un tueur tel que Charles Manson peut jouir de la même fascination qu'une star comme Marilyn Monroe et les met sur un pied d'égalité en déclarant que Monroe possédait un côté sombre (elle prenait des drogues) tout comme Manson pouvait être bon. Brian décide rebaptiser Scott selon la même formule. Il devient Daisy Berkowitz. Le groupe prend le nom de Marilyn Manson & The Spooky Kids. Bientôt rejoint par d'autres musiciens, le groupe donne son premier concert le 28 avril 1990 au Churchill's Hideaway. Celui qu'on appelle désormais Marilyn Manson monte sur scène, pétri par le trac. Après quelques morceaux, des poèmes de sa propre composition mis en musique par Scott, il part se réfugier en coulisse, convaincu que le concert a été catastrophique. Cependant, le public applaudit chaleureusement la performance du groupe. Fier de lui, Manson est à présent sûr de sa vocation.
Le groupe enchaîne avec un concert au Reunion Room où Manson négocie un cachet important, ce qui lui est accordé malgré le manque de notoriété du groupe. À la fin du concert, il renvoie deux membres du groupe dont il n'est pas satisfait. Ces premiers renvois montrent déjà avec quelle fermeté il dirige le groupe. Il enregistre également sa première démo, Big Black Bus. À cette période, Manson fait la rencontre de Nancy, une fille psychotique qu'il engage pour danser sur scène pendant les concerts du groupe. Elle tombe amoureuse de lui et Manson, bien qu'étant en couple, accepte d'avoir une liaison avec elle.
En juillet, Bob Slade, un DJ de Miami, invite le groupe au Club Nu pour jouer en première partie de Nine Inch Nails. Manson en profite pour remettre une démo à Trent Reznor, leader et producteur du groupe, dont il est un grand fan.
Plus tard, Manson engage le manager John Tovar, chargé de s'occuper de l'image du groupe. Il lui recommande de réduire le nom du groupe en « Marilyn Manson ». Le groupe gagne en notoriété et cherche maintenant un label pour les signer.